2025年，软科发布的我国高校排行榜上，云南地区仅有云南大学跻身全国前百名，位列第69位，较上年提升了1个名次。昆明理工大学位于全国前两百名，具体排名为第117位，相较去年有所下滑，退步了2位。云南师范大学在全国排名第203位，在云南高校中位居第三。

云南高校在分类高校排行榜中的表现：

昆明医科大学在医药类高校中排名位居第24，同时在主榜的参考排名中位列第205。

云南中医药大学在中医药类高等院校中排名23，同时在主榜的排名中位列第293。

云南财经大学在财经类高等院校中排名第31，而在主榜的排名则是第294位。

兰州民族大学在民族类高等院校中排名第十，同时在主榜参考排名中位列第三百位。

云南警官学院在政法类高等院校中排名位居第23位，同时在主榜参考排名中位列第400名。

去年对比，大理大学的排名涨幅最为显著，由第309名跃升至第290名，涨幅达19位；昆明医科大学在医药类排行榜中由第36名升至第24名，涨幅为12位；云南农业大学则上升了7位。而玉溪师范学院排名跌幅最大，从第456名跌至第486名，跌幅达30位；西南林业大学也从第314名跌至第328名，跌幅为14位。

丽江文化旅游学院在云南民办高校中位居首位，在全国的排名达到了第44名，较上年提升了31个名次。昆明城市学院位列第69名，云南工商学院排在第87名，两校的排名与去年相比都有显著提升。