2000年4月3日，北京大学与原北京医科大学合并，组建了新的北京大学。原北京医科大学的前身是创建于1912年10月26日的国立北京医学专门学校， 1903年京师大学堂设立的医学实业馆为这所国立西医学校的诞生奠定了基础。20世纪三、四十年代，学校一度名为北平大学医学院，并于1946年7月并入北京大学。1952年在全国高校院系调整中，北京大学医学院脱离北京大学，独立为北京医学院。1985年更名为北京医科大学，1996年成为国家首批“211工程”重点支持的医科大学。两校合并进一步拓宽了北京大学的学科结构，为促进医学与理科、工科以及人文社会科学的交叉融合，改革创新医学教育奠定了基础。

党的十八大以来，在以习近平同志为核心的党中央坚强领导下，北大加快推进高质量内涵式发展，在建设中国特色世界一流大学的新征程上取得新突破。2018年5月2日，习近平总书记到北大考察，并在北大师生座谈会上指出：“近年来，北大继承光荣传统，坚持社会主义办学方向，立德树人成果丰硕，双一流建设成效显著，服务经济社会发展成绩突出，学校发展思路清晰，办学实力和影响力显著增强，令人欣慰。”在习近平总书记的勉励和指引下，北京大学再接再厉、接续奋斗，坚持当好培养高素质拔尖创新人才的摇篮、创造前沿科技和先进思想文化的重要阵地、服务国家高质量发展的枢纽平台、推动高水平对外开放的桥梁纽带，在新征程上不断谱写建设中国特色世界一流大学的崭新篇章。

现任校党委书记郝平、校长龚旗煌。