要将支付宝和蚂蚁金服区分开来，支付宝仅是第三方支付公司，是蚂蚁金服旗下的子公司。
从盈利方面来说，支付宝目前的盈利水平是很低的，占到蚂蚁金服总利润的很少一部分。比如前些年据说，蚂蚁金服的利润80%来自于蚂蚁借呗和蚂蚁花呗，而不是来自支付宝。
但是蚂蚁金服旗下企业是以支付宝APP作为流量入口，从而获得利润。即蚂蚁金服离开支付宝也就无法获得相应的流量，也就无法获得利润，支付宝对蚂蚁金服具有举足轻重的地位。
支付宝靠什么来盈利呢？在以前的话，第三方支付机构的备付金不用托管到央行微信商户有手续费吗，还存在备付金利息，而目前托管到央行，备付金利息可能没有或极少。也就是说，以前支付宝的利润主要来自于备付金利息，比如买家购买商品，但未确认收货，该笔资金就是备付金，或者买家或商家余额（非余额宝）账户的资金就是备付金，备付金是个很庞大的数字，其实利息很低，总体收益也是非常可观的。
或许支付宝有先见之明吧！在备付金还未托管到央行时就进行了分流，比如推出余额宝和余利宝，让商家还未提现或者用户准备支付的余额转入余利宝和余额宝，获得相应的销售服务费。
也就是说，目前余额宝的主要盈利来自于收单手续费、广告费和平台服务费。
收单手续费，比如余额提现收取1‰的手续费，信用卡蚂蚁花呗线上消费收取商家1%的手续费，线下收取0.8%的手续费（该手续费还要与其他服务商分账）。
广告费用，比如植入口碑和蚂蚁财富理财产品等获得广告收入。
平台服务费，比如天猫商家要支付平台服务费，其中就包括支付宝的平台服务费，同样缴费和话费充值等都可以收取相应的平台服务费。
当然，在未来支付宝最大的利润可能来自于对大数据的应用微信商户有手续费吗，也包括对大数据的出售，盈利水平不可限量。